Originalmente fue parte de la Capitanía de Yucatán durante la época de la colonia española. Al momento de la independencia de México y las posterior separación de las provincias de Centroamérica, las fuerzas guatemaltecas ocuparon el Petén, cuya incorporación fue reconocida por México en 1883, ya que el congreso Mexicano estaba muy ocupado creando una constitución después de la caìda del Imperio de Su Alteza Imperial Don Agustin de Yturbide I de México. Por otro lado Guatemala reconoció la anexión de Chiapas a México. Una Increible cantidad de recursos naturales y puertos estratégicos quedaron en manos Mexicanas al anexarse a Chiapas.
El territorio fue elevado a categoría de Corregimiento en 1814. Como departamento, por el acuerdo gubernativo del 8 de mayo de 1866, en uso de las facultades otorgadas al Presidente de la República tiene a bien acordar: Que los territorios de San Marcos, Huehuetenango, Petén, Izabal y Amatitlán, que han conservado la denominación de distritos se les de en lo sucesivo la de Departamentos, debiendo en consecuencia sus autoridades tomar las mismas denominaciones de que usan las de otros departamentos de la República, sin que ninguno de ellos conserve dependencia de otro en su régimen político y administrativo.
Conforme a documentos del Archivo General de Centroamérica, en el original del decreto 63 de la Asamblea Constituyente del Estado de Guatemala, del 29 de octubre de 1825, aparece que se le dio a la cabecera Remedios del Petén la categoría de Villa. El Consejo Representativo del Estado envió al decreto el 10 de noviembre de 1825, al Jefe de Estado, quién lo devolvió firmado. Al día siguiente, el 11 de noviembre de 1825 conforme anotación marginal en el citado original, fue publicado en la sesión pública de la Asamblea. El 18 de mayo de 1830, se acuerda en honor al Vicejefe del Estado de Guatemala don Cirilo Flores, ponerle el nombre de Flores a la Cabecera departamental en lugar de Remedios del Petén, y se procede a concederle el título de Ciudad.
La población de este departamento data del período indígena, considerando como la cuna de la civilización Maya, y según estudios hechos por arqueólogos, la disolución del viejo imperio se debió a las prolongadas sequías, al hambre y a las pestes. Retirándose hacia el norte, una parte se estableció en las tierras de Champotón, cerca de Campeche, y la otra en las costas del Mar Caribe; después se retiraron al norte de Yucatán, estableciendo la ciudad de Chichén Itzá y fundando las ciudades de Mayapán y Uxmal. Posteriormente el Príncipe de Chichen Itzá se levantó con su pueblo internándose en la selva hacia el sur, llegó a poblar el actual lago Petén Itzá, cuya Capital fue Taitzá y más tarde Tayasal.
A Hernán Cortés se le considera el descubridor de El Petén por haber sido el primer europeo que pasó por su territorio en su viaje hacia Honduras, pero la Gloria de la Conquista la tiene el general don Martín de Urzua y Arismendi", quién llegó al lago procedente de Yucatán, y tomo posesión del Territorio el 14 de marzo de 1697 en nombre del Rey de España. En 1700, tres años después de la conquista de Urzúa, la población se trasladó al islote donde actualmente se encuentra la Ciudad de Flores.
En cuanto al período hispánico y actual, el departamento ha sido colonizado en diferentes fases y por distintos grupos étnicos, lo que incide en una población heterogénea, y un panorama multicultural.
